Instytut Studiów Międzykulturowych UJ realizując cele statutowe nawiązał współpracę z różnymi organizacjami i instytucjami kultury. Współpraca najczęściej polega na realizacji wspólnych projektów badawczych lub edukacyjnych. Istotnym aspektem współpracy jest to, że w instytucjach partnerskich studenci mogą odbywać praktyki zawodowe.

Ważne miejsce wśród partnerów Instytutu Studiów Międzykulturowych UJ zajmują: